Herbert Waldmann studierte im Anschluss an sein Abitur am Werner-Heisenberg-Gymnasium[1] in Neuwied ab 1976 Chemie an der Universität Mainz und fertigte seine Doktorarbeit 1985 bei Horst Kunz an. Im Anschluss verbrachte er zwei Jahre als Postdoktorand an der Harvard University bei George Whitesides, Cambridge, USA. Er habilitierte sich von 1986 bis 1991 an der Universität Mainz. Kurz darauf erhielt er einen Ruf auf eine Professur für Organische Chemie an der Universität Bonn. 1993 übernahm er einen Lehrstuhl für Organische Chemie an der Universität Karlsruhe. Seit 1999 leitet er die Abteilung Chemische Biologie am Max-Planck-Institut für molekulare Physiologie in Dortmund und ist Professor für Biochemie an der Universität Dortmund. Im Jahr 2007 war er auch „Managing Director“ des „Center of Advanced European Studies and Research“ (Forschungszentrum caesar) in Bonn.